Die Synagoge entstand 1894/95 nach einem Entwurf der Architekten Schlepps & Rzekonski im neuislamischen Stil, vollständig verborgen hinter gründerzeitlichen Mehrfamilienhäusern am heutigen Allendeplatz. Farbige Ziegelmuster, Hufeisenbogen, Säulenkapitelle, die Farbigkeit des Innenraums und v. a. die Ornamentik der Ostwand erinnerten jedoch nur noch vage an islamische Vorbilder. Die Inneneinrichtung spiegelte den gemäßigt liberalen religiösen Ritus des Vereins: Das Toralesepult war vor den Toraschrein verbannt, die Geschlechtertrennung wurde mit niedrig vergitterten Frauenemporen beibehalten, es gab eine Empore für einen vierstimmigen Chor ohne Orgel. Vermutlich beeinflusste dieser unentschiedene Ritus die Wahl des Baustils. Er schien geeignet, Selbstbewusstsein zu demonstrieren, ohne die jüdische Tradition zu leugnen, in einer Zeit, in der die Mehrzahl jüdischer Gemeinden mit neugotischem und neuromanischem Kirchenbaustil Erinnerungen an einen Ursprung des Judentums im Orient zu vermeiden suchte. Während des Novemberpogroms 1938 wurde der Innenraum demoliert; mit privaten Mitteln wiederhergestellt, kamen bis zur Beschlagnahme im Juni 1943 aschkenasische Juden aller Richtungen zum Gottesdienst zusammen. Kurz darauf wurden Synagoge und Vorderhäuser während der Bombardements zerstört. Ein Gedenkstein auf einer kleinen Grünanlage unmittelbar neben dem Universitätsgebäude im ehemaligen »Pferdestall« erinnert an die Neue Dammtor Synagoge.
